・開錠能力が箱レベルに追いついていない
特に序盤は進行が速すぎるせいで、手に入る時期で開錠率40%を下回る事すらあります

・特に終盤の探索がキツめ
自分のチームはThiがいないのでわかりませんが
終盤の方はセンサーがあってもかなり辛いという話を聞いていたので一応

・５箱の中身が悪すぎる
使えないアイテムと市販品が多く、レアアイテムがマトリクスぐらいしかない
４箱や６箱と比べると中身の悪さが目立ち、中盤において大量に箱ごと売り出されています

・LV4→LV5クエストの難易度差が大きい
この辺りで経験の浅いチームが詰んでしまい、LV4のクエストに長く足止めされている現象を観察しています
これより前のタイミングで注意を促すか、LV5クエストのバランスを若干弄ってみてはどうかと

・Cle以外の前衛全体が若干弱い
特に前期の装甲バランスに合わせた前衛での変更が装甲が大幅に下がってしまった今期でもそのままになっており、それが今期において後衛が若干強めになっている原因の一つとなっています
Fig/前衛系Smiが顕著で、Warは装備の揃わない序盤こそ有利なのですが、終盤に近付くについてやはり同じ状態になってしまいます
近接/格闘系Smiも戦闘力が低いせいで成り手が非常に少なく、当該プレイヤーがゲームを止めたため改造の依頼先を探すのが大変な事態にもなっています、格闘辺りは専業がいなくなっていますしね･･･
対案としては装甲を上げるのは難しいでしょうから、主に攻撃や確率関係を元に戻してみてはどうでしょうか
例えば：
FCRKの回避率ボーナスを前期の変更前に戻す
Fig/Smiの移動力を少し上げる
気武器・ドリル系の性能を上げる
等

全体的なバランスでは進行の速さによる齟齬や、
装甲の高すぎた前衛への抜本的な対策が成されたのにも係わらず
応急的な弱体化がそのままなのが微妙な傾きとなっているように見えます