＞ギルド外の人とでもチームを組めてしまう、という問題に気がつきました。

ＰＨＳに登録したギルドメンバーをチームメンバーにしてしまうのではなく、戦闘時に呼び出す仕様にしてはどうでしょうか？
出撃時のセレクトボックスにチームメンバー、クエストＮＰＣ、ギルドメンバーの順で並ぶような感じで……