アドバンスドへのCCは中盤の一大イベントですから、敷居が高いことには異論ありません。
ただし、個人の成長である以上、その負担は当人が負うべきでしょう。
完全な補填のきかない行動力を、協力者であるSmithが消費してしまうことは問題だと思います。

武器改造での行動力消費には賛成です。
こちらはストーリー上無関係、通常の能力成長とは異質な強化と考えられます。
実際、NPCは改造品を装備していませんしね。
足枷がないと、改造品が氾濫し、改造品前提で適正ランクを想定することになってしまいます。

一方、CCはシナリオ進行に伴う真っ当な成長です。
その過程で協力者が必須なのであれば、協力者にシステム的なデメリットが存在してはいけません。
「シナリオに沿って協力者を探したが、個人の都合ではなくシステム的な理由によって断られる」
などという自体が発生するのは問題でしょう。

ですので、マトリクス改造については行動力を消費しないようにするという案を推します。
また、既にそのような変更が入っているのであれば、その点を明記する必要があると思います。
そうでなければ、気軽に依頼、受注出来ません。

ただ、マトリクス改造が気軽にできるようになりますので、使用時の効果上昇幅を抑える必要はあると思います。

まあ、結局はジルさんの案をNPCがやるかPCがやるかの違いでしかないのですが。