マトリクスの仕様変更の意図は以下の２つです。

１．マトリクス社会（…マトリクス社会？）における格差是正
２．交換、合成による交流促進

よって、２の観点から、NPC等による合成代行は考えていません。
行動力消費についても、消費するからこそトップSmith以外に依頼が来たり、
報酬などのやりとりが発生するものと考えています。

ちなみにアドバンストクラスへのCCのタイミングは、２章終盤を想定しています。
ですので、現状のゲーム進行度では、マトリクス不足になるのも想定事項です。
どこかの巨神兵もマトリクスを「複数」ドロップする確率は高くないです。
むしろ…（禁則事項）…です。
逆に２章終盤のクエストでドロップするような宝箱からのマトリクス取得率は、それこそ前期の２倍とかになっています。