書き慣れていないので見難い所などあるかと思いますがご容赦お願いします。

僕も仕様変更時には該当機体の該当能力が影響を受けるのが良いなぁと思います。

・仕様変更をその場で反映できる。
能力が変化しても、誰もチューンしなければ仕様変更の意味がありません。
現実的に誰もチューンしないという事はありませんが、
変更時に一斉適応した方が効果がより多く、また早い段階であらわれます。

・平等になる
現状では仕様変更に先んじてチューンした人と後からチューンした人で差が生まれます。
マイナスの仕様変更の場合は変更前にチューンした人が得ですし、プラス場合は先にチューンしてしまった人が損になります。

・機体の最適化
そもそも機体の最適化（現在のクラスにCC）をする人がいるのかどうかという根本的な疑問はおいておく事にします。（マトリクスも合成しないといけませんし）
僕自身は機体の最適化を行った事がないのでトンチンカンな事を言ってるかもしれません。
プラスの仕様変更が行われた時は、現状の方が機体の最適化の価値はあがります。（通常の分＋仕様変更分）
しかし、マイナスの仕様変更が行われた時は、（最適化をしなければ仕様変更を回避できるので）最適化の価値は下がります。（通常分-仕様変更分）
逆に仕様変更時に一斉適用した場合は、プラスであれマイナスであれ最適化時に能力はCRK分上昇します。（仕様変更後に貯めたCRK分）
ただし、平均すれば現状の方が最適化の価値は高いという感じでしょうか。

以上3点を踏まえて、
第一希望：あらゆる仕様変更時に該当機体の該当能力が一斉に修正される。
第二希望：大きな仕様変更時だけ、該当機体の該当能力が一斉に修正される。（目安としては1チューンの上昇幅を超える位でしょうか。）
第三希望：仕様変更で弱体化される場合だけ、該当機体の該当能力が一斉に修正される。
という感じです。