複合のアビリティを覚えきれず、取捨選択に四苦八苦してるのは確かなのですが…
これはちょっと難しい問題です

この制限（主に頻繁なクラス変更によるアビリティ集めへの）がゲームバランスに影響している部分は多々あると思うので、これを緩和する事でどれ程ゲームバランスが変わるかですね
影響の大きさ事態は、ちょっとなんとも言えない感じではありますが


ただ、実際に緩和する場合でも、アーティさんの言う販売形式には反対です
全てを販売する形にしてしまうと、序盤の資金難時の資金バランスが大幅に変わる事になり、ゲームバランスに多大な影響が出かねないからです
また、それを考慮してアビリティの値段を安価にしてしまうと、今度は中盤以降にアビリティの個数制限の意味がなくなり、状況に応じて常に付け替えるのが容易になってしまいます

もしアビリティの選択自由度を緩和する場合、例えば…

1.現状のアビリティ方式＋忘却済み（もしくは獲得失敗）のアビリティを（それなりに高価な値段で）覚えなおせるようにする
2.更に1歩踏み込んで、現状の段階獲得方式から固定Lv獲得（下のレベルのものを消しても、そのLvに達した時はそのLvのアビリティを覚える）に変更して、上記の忘却済みアビリティを覚えなおせる方式にする
3.CRKを元にしたCrとは別のポイントを用意して、取得可能な範囲のアビリティを選択獲得する方式にする

辺りの方が良いかと思われます