＞そして苦労しまくっていたにも関わらず、ついうっかり覚えそこねてしまったとか。

これの救済策として、賛成します。
長い下積みを経て、覚えるその1戦闘に不注意だっただけで、
取り返すには数ヶ月、場合によっては年単位の期間が必要になります。

対策としてアビリティショップである必要はないかもしれませんが、
もう少しユーザーフレンドリーにならないだろうかと思います。

＃たとえばアビリティ習得時にすでに12個習得済みであれば、
＃「新アビリティを覚えない」「いずれかのアビリティを削除する」
＃の選択が出来れば。
＃具体的には13個のセレクトボックスを表示して選択とか。