ソリッドエアを例に出されていますが、キャパシティも技術もチャージも違うため、
「ロングソードを改造すれば威力100以上上昇したダガーになる」と言われているのと同じです。
Mレンジ風魔法はソリッドエアが最弱で、上級Mレンジ魔法がアンスバッハのエリアルファングとなり
その間を埋める為に改造がほぼ必須となります。
逆にMレンジ火魔法はファイアブロウが最弱の為、これに満たない技術の場合、
火魔法を使うにはソリッドエアを火属性に改造する、というような事もあります。
それと、改造は当ゲームにおける数少ない他プレイヤーとの交流要素の為、
あまりマイナス要素を増やしてほしくないという希望もあります。

elm付き魔発武器については現状のアイスロッドが既にありますし、
全属性の入手が容易になってしまうと、それこそバランスを崩すことになると思います。
近接工房を魔術工房を掛け持ちしていますが、依頼数は現在でも近接改造が圧倒的に多いです。

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追加パーツについて
同系統のアイテムを追加パーツとして使用しても、威力1〜2、確率0.1〜2程度の差しかありません。
また、追加パーツによる上昇値は固定値かと思われます。
レインボージュエルなどの高額宝石を追加しても、一段階上の改造を行った方が
威力、命中、C共に上昇します。実質最高額改造の限界突破用アイテムになっています。

反属性追加による闇属性化について
今期に入ってから私の行った改造では139個中成功29個、約20％の確率となっています。
5個中4個が失敗となり、更に通常改造より上昇値が下がるのは十分なリスクだと思います。

安易に属性変更が行える理力武器について
変更が入り威力の上昇値がかなり抑えられました。
私のCRK、工房を使っても最高レベル威力全振りでも4〜5しか上がりません。

魔発武器について
フレイムソードならびにサンダーブレードは、安易に属性変更を
行えないようにする為の価値設定だと思われます。
（実際に改造を行うと4000Cr程度の剣と同等の上昇値の為）
またその考えから言えば、攻撃属性「弾」の属性武器はない為、
現在地位の低下しつつあるGun系が更に苦境に追い込まれます。

CraとEncの戦力差について
今期は機体性能に変更が入り、Craの装甲/耐久上昇、Encの装甲/耐久減少
Mys参入の煽りでMレンジ魔法も軒並み性能低下で大分解消されていると思います。

以上より、あまり改造に修正が必要だとも思えないのですが、
魔術武器に限らず追加パーツの上昇値の変更（改造Lvに比例するようにするなど）
また、Cra専用のマテリアルシリーズはほとんど使われていないのが現状なので
種類を増やすなどの梃入れはあってもいいと思います。