>近接しかない相手にカウンター使うと、性能高すぎない？
>ってことです。

Sレンジ武器ばかりのSamやStrにも装甲耐久を上げるか、速度を上げて後衛落とし能力を高めるか。
チューンを選択する自由はあるはずです。
装備だってカウンターに強い防壁や装甲や打払を装備するか、
カウンターに無意味だけど他には強いステルスボディを装備するかを選べます。
装甲上げたSamはSレンジ武器しかなくてもカウンターに耐えつつ戦えると思いますし、
軽装甲/重撃技(胴)/強撃技/打払/打払に強奪分身や刃取根性のStrはカウンター1枚では落とせない気がします。
それでもカウンターに弱いチューンや装備を選んだ人は
カウンターを使わない相手への戦闘能力を重視しているわけですよね。
（もしくは、『好み』『ロマン』･･･などもっと大切なもの）

前期の私はMレンジ魔法も使える風Mysでした。
常に理力の使えるSレンジで戦いたかったので、装甲耐久を上げて防壁を常日頃から装備。
おかげでカウンターに対しては強くなり、常にSレンジ武器で戦えるようになりました。
しかし、速度を犠牲にした為にWarに殴られたり、Lレンジ機を追いつけずに削られ続けることも増えました。
でも、これは仕方が無いことですよね。

他の何かを求めてカウンターに対して無防備でいる形を選んでしまった人が
カウンターに対して非常に弱いのは、仕方が無い部分もあるのではないでしょうか。