ＰＲＫのパラメータとは別に機種ごとに得意距離と攻撃方法に
ボーナスがあれば良いかと思います。

たとえば
Ｆ→Ｓ近接　Ｗ→Ｓレンジ格闘　Ｇ→Ｌレンジ射撃　Ｍ→Ｌ魔法
この状態での攻撃、被攻撃時に命中や回避に＋５％とか

Ｓは全ての武器に低めの命中ボーナス＋２％
Ｔは全てのレンジからどの攻撃にも回避ボーナス＋２％　など
Ｃは

例にあげた値は適当ですがこんな感じにうまくやれば
特定機種を弱体化などしなくてもある程度は局地的な部分で
特徴を出しつつバランス取れるかな…とは思ったのですが