＞＞○速度チューンを、エリア移動などでの移動距離に影響するようにする。
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＞これ、ちょっと面白いかな〜と思っているんですが、どうでしょう？＞特に鈍足系であまり速度チューンをしないキャラの方

鈍足機体ではありませんが、とりあえず意見を……

人によっては分かりませんが、このゲームにおいてエリア移動が占めるウェイトは大きくはないと思います。
（重要性ではなく、回数や必要性などの観点です。ゲートもあるのでこう思いました）
なので、これを実装することによる問題というのはさほど起こらないように思われます。

ただ、現状でもエリア移動においてThiefが非常に有利になっており
これを実装することで更にThief有利、というかいないとダメ、な感じになるのなら考えものかと。
もちろんThiefの方が全員速度が高いというわけではないでしょうし、
Thief以外でも速度をかなり上げている人もいるので、一概には言えないことなのですが。

なので、実装するならするで、どれほど移動距離に影響するのかが重要になるのではないかと思います。
あくまでオマケ程度なのか、それとも速度が低いと日が暮れるというほどに違うのか。
前者ならば特に問題はないでしょうし、また速度が低い人からの不満も少ないと思われます。
（とは言え、もしそうならわざわざ実装するほどではないようにも思えてしまいますが……）