＞シングルコロは、その分獲得熟練度にボーナスが付いているのですが
＞そっちよりCRKボーナスのほうが良いですか？

熟練値は何処でも稼げる一方、CRKは機種やポイントがある程度限られているので
チーム以外の機種CRKが稼げるとすれば大きなアドバンテージになるかなと感じます。
実際の熟練ボーナスがどのくらいか分からないので何とも言えませんが、
熟練値は最低限同等のクエスト並に獲得できれば良いのではないでしょうか。

個人的にはコロシアムの挑戦の難しさや、競争性の向上のために多少はボーナスも残して欲しいですが、、、
最終的には獲得CRKとの兼ね合い次第になると思います。