提起された問題は仰られる通りだと思います。
装備・アビリティ、或いはチューンによる対応も可能でしょうが
組み合わせにより（高速機と軽量機の組み合わせ以外も）戦闘状況に差が出てしまうことは間違い無いと思います。
ただ、組み合わせによってはターゲッティングがあることによって戦いやすい場合もあるでしょうし
私個人の認識としては「不利になる場合もある」ですね。

ターゲッティングに非があるとすれば、リスク無く有利な状況を作り出せることではないでしょうか。
提言されている例ではターゲッティングすることの得とリスクが、バランスの悪いものであると感じます。
（防衛時には得があってもリスクが皆無である場合があること）
ターゲッティングのリスクが挑戦時の被ターゲッティングであるとすれば、
挑戦時の被ターゲットのリスクと防衛時のターゲッティングの得についても同じ事が言えると思います。
（被ターゲットと加ターゲットの損得に差があること）

これらを平等にするようなアイディアはちょっと思い浮かびません。
が、個人的にはターゲッティングはコロシアムを面白くするであろう要素だと思います。

そもそものターゲッティング方式を変更する
（薄い機体を優先的に狙うのではない何か）
ターゲッティングする機体にリスクを与える
（何らかの能力減を行うとか）

と言ったようなもっと有用な方向に変えて行く解決策に期待したいです。