＞覚えておけるアビリティの個数は12個です。
＞そして上位アビリティを覚える為には、下位アビリティを全部覚えている必要がある。

これ（特に下位アビ全部っての）はあえてそうしています。
この条件でやりくり…自分の思う最適なアビリティセットを構築するのもゲームのうちです。
CRK30辺りのアビ１つか、CRK20程度のアビ２つか、それ以上をもっと沢山か…
死にアビも、上位アビを取るために残すか、諦めるか…このあたりを悩んで欲しいのです。


また、何人かの方が言及している「消し忘れによる覚え損ね」ですが、
これを防ぐために、アビリティスロット満タンの警告がログイン時に表示されるようになっています。
絶対覚え損ねたくないなら、その時点で消せば良いのはずです。
「警告があってもギリギリまで消す前のアビの恩恵に預かりたい」という方は、
そのメリットと引換に「消し忘れによる覚え損ね」というリスクを取ることを選択したのです。
そういう重要な「意思決定の機会」というのはゲームとして残すべきと考えています。