改造士の方がどう感じてるかは存じませんが――
魔術兵器は強いから改造されるのではなく、
弱点を突く必要がある、あるいは闇化させたいが為に改造されていると思ってます。

＞・改造追加パーツの武器種類によって、Cの上がり具合、威力の上がり具合命中の上がり具合を変えてほしい。
＞（例）
＞＞近接武器 ⇒改造によって上がる数値も平均的
＞＞格闘武器 ⇒改造によって上がる数値も平均より若干下だが、Cの上昇が少なくなる
＞＞射撃武器 ⇒改造によって威力と命中の上昇率が良いがCの上昇も非常に高い
＞＞魔術武器 ⇒改造によって上がる数値も低く、Cの上昇も高い。

これは、威力/命中/Ｃの分配で済む話じゃないでしょうか？
また、卯月さんが挙げられているように、属性（術やE）の威力上昇は、物理のそれより控え目に設定されていると感じてます。

3/3/4や4/4/2、あるいは5/0/5の、Ｃに割り振りながらの高額改造の性能上昇が、
Ｃを抑える為に改造レベルを抑えた、5/5/0や10/0/0との比較データなんかは見てみたいですね。
ちょっと趣旨とは異なりますが、後者で済む場合はバランスを見直す必要はあると思います。

＞・全て属性付きの魔発武器の入手難易度を下げる ／ 価値を1500Crに統一
＞全属性の魔発武器をどこかで販売、もしくは下位の箱で出るようにして頂けませんでしょうか。
＞もしくは価値を1500Crに統一を要望します。

此方は…んー、Gun系寂しいなぁ…と、だけ（＾＾；