耐久などの判定は、機種毎で差がつきそうなので… その辺りを無視出来る案として。
・撃破/撤退状況より判断
1Cygにつき…
正常（もしくは電撃などの撤退/破壊以外の）状態2ポイント
撤退中、もしくは撤退状態1ポイント
撃破状態0ポイント
このポイントを各機種毎に計算し、ポイントの大きい方が勝利。
引き分け時は防衛側勝利。

加えて、召還キャラはノーカウント。
クエストとかでは自動的に防衛側勝利でも良いかもしれませんです。