1,2番の改善案についてはひとまず置いておいて、3番の案について、

上でGMさんが仰っている通り、私もメリット・デメリットを全て固定or割合にすることでバランスを取るのは難しいと思います。
やはり、細かい調整をするには固定・割合の両方を上手く取り入れていくアプローチの方が有効に感じられます。

そこで代案なのですが、基本的にArtemisさんの仰りたいことは
風の場合、メリットが固定で、デメリットが割合変動のために、時間が立つにつれてデメリットが大きくなる。
土の場合、デメリットが固定で、メリットが割合変動のために、時間が立つにつれてメリットが大きくなる。
と言うことですよね。
言い換えれば、土の場合、時間が立つにつれてデメリットが相対的に小さくなり、風では大きくなると言ってもいいと思います。
そこで、メリットが割合のものについては、デメリットも割合で変化する。メリットが固定のものについてはデメリットも固定としてはどうでしょうか。

例えば、バランスが取れているとする一つの指数として、|耐久の増減|/|移動力の増減|というようなものを用意した場合に、
上記のようにした場合は常に風、土でこの指数が同じ値になるように調節するという考えです。
もちろん、各ステータス（この場合は耐久と移動力）では、上昇のしかたも異なりますし、そもそもの数値にも差があるため、一概に上のような指数を設けることは容易ではないと思います。

#簡単な例
#風のデメリットを例えば耐久値-100の固定としたとして、移動力+1で、指数が100であれば、
#土で耐久、速度を同様にチューンしていった場合に、耐久が+200,300となっていくにつれて、
#移動力も-2,-3となるようにする。
#ただし、上でArtemisさんの作成された式でもそうですが、移動力、耐久の戦闘への影響の度合いは等しいとは思えないので、
#指数の作り方は難しいと思います。
#なので、これが必ずしもバランスと取る案になるとは、自分で出しておいてなんなのですが、
#多少疑問が残るところです。

#私自身が風の身なので、あまりこういう案を出しても良い印象をもたれないのではと思いますが、
#そういう色眼鏡をつけずに一つの案として受け取って頂ければ幸いです。