＞以上みっつの観点から、現状のGF優勝賞品制度は廃止すべきだと考えます。

で、廃止してじゃあ勝者への特典はどうするかですが、
賞品そのものはあってよいかと思います。
なにを与えるか、が問題なわけですが、前項を踏まえて、
「進度に左右されない」「有無が勝敗にあまり影響しない」のがベスト、
ということになります

以下試案ですが
・金メダル：光属性の勲章と同等
・賞金：優勝時の総合ランクに応じる
・優勝時点で装備or使用可能な任意のアイテムひとつ：ゲート、リミット系は無し
・ゲームマスターパワーで超改造：費用とブツはプレイヤー持ち

の、どれかから選択ってのがよいかなと思いますがいかがでしょうか。

複数回優勝した場合ですが、実利ではなく、名誉で報いるべきでしょう。
どこかの街に銅像が建ってエリア移動時に出てくるとか、そんなあたりで。